L’imponente ingresso della  grotta, la presenza di un torrente interno ricco di copiose acque e, infine, un millenario culto sotterraneo dedicato all’Arcangelo Michele, sono i motivi per cui la cavità è stata da sempre nota alle popolazioni  del luogo e ai viaggiatori  di passaggio. Sino alla fine dell’Ottocento l’interesse archeologico del sito era  completamente sconosciuto a tutti: si deve a Paolo Carucci,  medico appassionato di archeologia, la scoperta delle prime  testimonianze riferibili ad antiche frequentazioni umane. Nel corso  del 1898 l’antro  iniziale ospitò due campagne di scavi, effettuate a poca distanza di tempo  l’una dall’altra e condotte la prima  da Giovanni Patroni, Vice Ispettore del Museo Nazionale di Napoli, la seconda dallo stesso Carucci.

La cavità svelò il suo potenziale archeologico restituendo numerosi manufatti in ceramica, pietra, osso  e metallo, inquadrabili cronologicamente in un lungo arco di tempo, esteso dalla preistoria all’età  greco-romana. Gli scavi, inoltre, palesarono la presenza di due livelli sovrapposti di strutture lignee, interpretate come  palafitte e costruite a ridosso del torrente sotterraneo.

In seguito le ricerche si interruppero per un marcato innalzamento artificiale delle acque, sbarrate all’ingresso della  grotta per la costruzione di una diga. Questa situazione congelò  ogni ulteriore ricerca per centosei anni, sommergendo il giacimento archeologico ad una profondità variabile  tra 2 e 4 metri. Solo nel 2004, e poi ancora nel 2009 e nel 2013, gli archeologi sono potuti ritornare sulla  superficie dell’antico deposito antropico, sfruttando ogni volta episodi  di svuotamento completo dell’invaso  idrico artificiale. In tali occasioni gli studiosi hanno  avviato attività di esplorazione nell’alveo  del torrente, ma anche di documentazione topografica e fotografica, censendo e campionando molte  strutture lignee  affioranti  dai limi del fondale  per successive analisi  di laboratorio. Il recupero di numerosi reperti archeologici, inoltre, ha permesso di comprendere fin dove l’uomo si era  spinto  all’interno della  cavità.