L’esplorazione della  cavità ha portato alla luce un contesto unico nel suo genere che ha arricchito, sin dalle prime  esplorazioni, le conoscenze sulla  frequentazione umana della  grotta in età preistorica e classica. Nonostante l’esiguità di evidenze materiali, tale frequentazione si estese anche per tutto l’arco del Medioevo, durante il quale la grotta acquisì  l’intitolazione all’Arcangelo Michele, prendendo il nome  di Crypta Sancti Angeli. A causa dell’esiguità dei manufatti ceramici e dell’assenza di strutture in alzato, “l’esplorazione” della  grotta medievale è stata effettuata mediante un’attenta analisi dei fondi pergamenacei e delle fonti bibliografiche ottocentesche  relativi all’antico pagus di Pertusia e alla sua Spelunca. In particolare le ricerche si sono concentrate presso la Biblioteca  della  Badia di Cava de’ Tirreni, gli Archivi di Stato  di Napoli e Salerno, le biblioteche e gli archivi comunali e parrocchiali di Caggiano,  Polla e Sala Consilina.  L’analisi delle fonti ha permesso di ricostruire la storia economico-religiosa delle Grotte di Pertosa tra l’XI e il XIV secolo. Dal punto di vista economico, la cavità si presenta, pertanto, come  il centro propulsore dell’economia rurale dell’antica Pertosa e della  sua comunità monastica, divenendo parte di svariate donazioni  fatte  da privati a favore dei Benedettini di Cava de’ Tirreni. La sua frequentazione, inoltre, si caratterizza per avere  una forte componente religiosa, che si manifesta in questo periodo  nell’erezione dell’ara di San Michele e nella  trasformazione della  grotta in meta di pellegrinaggio. Appare evidente una forte continuità cultuale, che rende questa cavità fondamentale per la comprensione del passaggio dai culti pagani al culto micaelico.