Le Grotte di Pertosa-Auletta sono costituite da tre rami pressoché paralleli di cui quello più settentrionale ospita il percorso turistico, mentre gli altri due, il mediano e quello più meridionale, costituiscono i settori ipogei più marcatamente speleologici.

Il ramo più meridionale, denominato Ramo della sorgente, è attraversato per tutto il suo sviluppo da un corso d’acqua perenne, il fiume Negro, che riemerge in superficie dall’ingresso della grotta. Qui una diga di sbarramento delle acque, eretta per lo sfruttamento del torrente a fini idroelettrici, ha fatto sì che il suo livello si innalzasse a tal punto da richiedere l’utilizzo di imbarcazioni per accedere alla cavità più interna.

Il nome Negro deriva dal latino “niger” che significa buio, scuro proprio dalla sua origine sotterranea. Questo fiume si origina da un piccolo sifone cosiddetto “a polla”, in quanto le acque fuoriescono a pressione dando l’impressione di ribollire. La portata idrica del corso d’acqua, a seconda delle stagioni, oscilla tra 350 e 600 litri al secondo.

Ricerche idrologiche effettuate nell’ultimo decennio hanno messo in evidenza come questo torrente derivi almeno in parte da una “perdita” superficiale del fiume Tanagro, sebbene, la provenienza dell’apporto d’acqua maggiore è ancora del tutto sconosciuta e forse è da correlare alla circolazione idrica sotterranea dei vicini Monti Alburni